Instytut Inżynierii Środowiska kontynuuje długoletnią tradycję teoretycznych i eksperymentalnych badań procesów środowiskowych prowadzonych na Wydziale Budownictwa i Inżynierii Środowiska Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie. Tematyka badawcza Instytutu jest związana z działaniami człowieka w środowisku w ramach budownictwa, architektury krajobrazu, rolnictwa i przemysłu. Nadrzędnym celem podejmowanych badań jest dążenie do zachowania środowiska przyrodniczego w stanie równowagi oraz zachowania możliwości do jego samoregeneracji i samooczyszczania, również na terenach miejskich. Główne kierunki badawcze Instytutu obejmują unieszkodliwianie ścieków i odpadów, melioracje, zaopatrzenie w wodę, kształtowanie zielonej infrastruktury i krajobrazu, monitoring i ochronę środowiska. W badaniach wykorzystywane są nowoczesne techniki badawcze i modelowanie procesów środowiskowych oraz studia krajobrazu kulturowego.
Instytut został utworzony w wyniku restrukturyzacji uczelni związanej z wejściem w życie ustawy 2.0. „Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce”. W jego ramach funkcjonuje 7 jednostek: Katedra Architektury Krajobrazu, Katedra Hydrauliki i Inżynierii Sanitarnej, Katedra Inżynierii Wodnej i Geologii Stosowanej, Katedra Hydrologii, Meteorologii i Gospodarki Wodnej, Katedra Kształtowania Środowiska, Katedra Sztuki Krajobrazu, Katedra Teledetekcji i Badań Środowiska. Profil naukowo-badawczy ww. jednostek wskazuje na interdyscyplinarność Instytutu.